مطالعه نقش پیوندهای دی سولفید در سازش عملکرد پروتئین ها با دمای پایین و بالا با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی
- نویسنده زهرا جباری خرم
- استاد راهنما مجید تقیر
- سال انتشار 1393
چکیده
این سوال مطرح است که آیا حضور پیوندهای دی سولفید، نقشی در سازش آنزیم ها برای حفظ فعالیت در دماهای مختلف دارد؟ برای این منظور مطالعات مقایسه ای خواص دینامیکی این آنزیمها انجام شد. نتایج ما در هر دو مقایسه (ahaباbaa وaha با (ppaنشان داد نوسانات ساختار، فواصل باقیمانده های عملکردی و همبستگی حرکتی بین اسیدآمینه های مهم در عملکرد، الگوی پیوند هیدروژنی و توزیع نیرو های وان دروالس و الکترواستاتیک در مکان فعال این آنزیم ها در دمای بهینه آنها تقریبا مشابه است. اما تغییر دما و شکستن پیوندهای دی سولفید پارامترهای بیان شده را به میزان کم یا زیاد تغییر می دهد. در نتیجه به نظر می رسد، پیوندهای دی سولفید مذکور نقش مهمی در تکامل الگوهای حرکتی ساختار در مکان فعال آنزیم های ppa و aha در دمای بهینه فعالیت آنها ایفا می کنند
منابع مشابه
اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملمطالعه خواص مکانیکی پروتئین اکتین تحت بارگذاری کششی با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی
اکتین فراوان ترین پروتئین درون یاخته ای و یکی از سه جز اصلی چارچوب یاخته است که در مقابل بارهای کششی از یاخته محافظت می کند. بدین منظور، با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند دینامیک مولکولی، در این مقاله با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی به بررسی رفتار مکانیکی پروتئین اکتین پرداخته شده است. اکتین در داخل یاخته به دو صورت تکپار atp و adp وجود دارد. در همین راستا در این...
متن کاملشبیه سازی خواص الاستیک نانو کامپوزیت Al-SiC با استفاده از روش دینامیک مولکولی
In the present work, molecular dynamics simulation method was used for determining Young's modulus, Shear modulus and Poisson’s ratio of Al-SiC nanocomposites, with different volume fractions of the reinforcements. For simulation, the open source package, LAMMPS, was used. After putting Aluminum and Silicon Carbide atoms in their initial positions, interatomic potentials between them were defi...
متن کاملمطالعه درختواره‌های پلی‌آمیدوآمین مزدوج شده با دارو: سنتز و شبیه سازی دینامیک مولکولی
درختواره‌ها طبقه نسبتا جدیدی از مواداند که دارای ساختار مولکولی و ابعاد واحد در مقایسه با پلیمرهای خطی هستند. درشت‌مولکول‌های درختواره می‌توانند شامل چند نوع گروه عاملی باشند که به‌طور موفقیت‌آمیز با روش‌های واگرا یا همگرا سنتز می‌شوند. گروه‌های عاملی موجود در سطح آنها باعث می‌شود تا این ترکیبات آب‌دوست شده و در آب بسیار محلول باشند. قطر درختواره با افزایش نسل تا یک نانومتر افزایش می‌یابد، در ح...
متن کاملشبیه سازی دینامیک مولکولی جذب تری بیس فنول A دی گلیسیدیل اتر بر روی مونت موریلونیت
در این مطالعه، از روش دینامیک مولکولی برای بررسی لایه نشانی شش رشته الیگومر تری بیس فنول A دی گلیسیدیل اتر بر روی مونت موریلونیت در سه دمای 298، 323 و 348 کلوین استفاده شد. در آغاز فرایند فاصلۀ بین رشته های الیگومر با سطح مونت موریلونیت بیش از فاصلۀ قطع پتانسیل انتخاب شد اما فاصلۀ رشته ها از همدیگر کم تر از فاصلۀ قطع پتانسیل بود. با آغاز شبیه سازی رشته های بر روی سط...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023